항만시설의 개발 및 유지보수 비용충당 등을 위해 항만이용자들에게 부과되는 요금으로 구체적인 요율은 매년 일몰제로 항만법 하위법령인 무역항의 항만시설 사용 및 사용료에 관한 규정(장관고시)으로 정한다.
그 동안 정부가 사용료 감면을 확대해 온 결과, 항만 이용자들의 부담 경감으로 국가경제 회복지원에는 기여하였으나, 세계경제 및 국내경제가 회복되어 더 이상 항만시설 사용료 감면 확대를 유지할 필요성이 우선 줄어들었고, 항만시설 사용에 따른 수익자부담으로 징수하는 사용료 감면액이 해마다 증가하여, 항만시설 유지보수 등에 부담이 되는 문제에 대한 대응이 필요했다.
또한, 국가부채가 2010년말 기준 394조원으로 증가하여 국회가 정부에 적극적인 재정건전화 추진을 요구하고 있고, 기획재정부 및 행정안전부 등 많은 부처가 국가 및 지방 재정건전화를 2011년도 주요 정책과제로 추진하고 있는 점도 고려했다.
이에, 국토해양부는 국가재정 건전화와 원활한 항만시설 유지보수 재원확보를 위해 항만물동량 확보 등 감면실익이 적은 부문에 대해서 항만시설 사용료 감면 축소를 추진하되, 항만이용자들의 충분한 사전대비가 가능하도록 감면율을 2011년부터 연차적으로 축소 조정해 가는 한편, 1996년도 이후 한 번도 인상하지 못한 항만시설 사용료 기본요율의 인상도 2011년 전문연구용역과 항만이용자 의견수렴 등을 거쳐 2012년도부터 추진할 계획이다.
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